SMK YPK Paulus Dok V Jayapura berdiri melalui Keputusan Walikota Jayapura dengan Nomor 145 Tahun 2010 tentang Pendirian Sekolah Menengah Kejuruan Yayasan Pendidikan Kristen Paulus Kota Jayapura, yang ditetapkan di Jayapura pada tanggal 14 Desember 2010 oleh Penjabat Walikota Jayapura Drs. Elieser Renmaur. Pada awalnya, sekolah ini berdiri dengan format sekolah satu atap bersama dengan SMP YPK Paulus Dok V Jayapura (dipimpin oleh seorang kepala sekolah). Kepala sekolah pertama yang juga merupakan founding father SMK ini adalah Bapak Abraham Ayhuan, S.Pd., M.MPd yang terus berusaha memajukan sekolah hingga akhirnya beliau menjalankan misi yang lain dalam pengembangan SDM di Tanah Papua. Kepala sekolah berikutnya yang menggantikan Pak Ayhuan adalah Ibu Dorthea Caroline Enok, S.Pd, kepemimpinan Ibu Enok, tidaklah terlalu lama, karena beliau akhirnya di tugaskan oleh dinas untuk memimpin sebuah Sekolah Menengah Pertama Negeri di kota Jayapura. Kepala sekolah ketiga dengan format masih satu atap adalah Bapak Willy Sanggenafa, S.Pd., M.Pd. Pada waktu Kementrian Pendidikan menyatakan bahwa format sekolah satu atap sudah tidak efisien sehingga kepemimpinan sebuah unit sekolah dengan manajemennya akan lebih baik dengan format mandiri, maka pada tanggal 10 Agustus 2017 kepala sekolah mandiri pertama untuk SMK YPK Paulus Dok V Jayapurapun di angkat melalui Surat Keputusan Nomor 424/83/2017 tentang Pengangkatan dan Pengesahan Kepala Sekolah Menengah Kejuruan YPK Paulus Dok V Jayapura mengangkat Bapak Edwin Telussa, S.Pd., M.Si sebagai kepala sekolah mandiri SMK YPK Paulus Dok V Jayapura yang pertama. Kemudian berdasarkan perubahan nomenklatur nama sekolah berubah menjadi SMKS YPK Paulus Dok V Jayapura sejak tahun 2018.