SMK YPK Paulus Dok V Jayapura berdiri pada tanggal 9 Februari 2010 di kota Jayapura. Saat awal berdiri sekolah ini merupakan sekolah dengan format satap (satu atap) SMP dan SMK YPK Paulus Dok V Jayapura, dimana dipimpin oleh seorang kepala sekolah. Pimpinan pertama sekolah ini saat format satap adalah bapak Abraham Ayhuan, S.Pd., M.MPd yang juga merupakan inisiator berdirinhya sekolah ini. Setelah itu kepemimpinan diteruskan kepada ibu Dorthea Caroline Enok, S.Pd. selama beberapa waktu dan tongkat estafet berlanjut kepada kepemimpinan bapak Willy Sanggenafa, S.Pd., M.Pd. Pada pertengahan tahun pelajaran 2017/2018 setelah pemerintah menyatakan sekolah dengan format satap (satu atap satu manajemen) sudah dirasa tidak efisien maka berdasarkan surat keputusan yang dikeluarkan oleh Pengelola Sekolah Wilayah (PSW) Yayasan Pendidikan Kristen di Tanah Papua pada tanggal 10 Agustus 2017 diangkatlah bapak Edwin Telussa, S.Pd., M.Si sebagai kepala sekolah untuk memimpin SMKS YPK Paulus Dok V Jayapura terpisah dari SMP YPK Paulus Dok V Jayapura, yang kemudian pada tanggal 1 Juli 2019 secara definitive berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Papua. Nama SMK YPK Paulus Dok V Jayapura tercatat sebagai SMKS YPK Paulus Dok V Jayapura berdasarkan data Dapodik sebagai indikasi bahwa sekolah ini nadalah sekolah yang dikelalo oleh swasta dan nama SMKS YPK Paulus Dok V Jayapura digunakan sejak tahun 2019 hingga sekarang.