Logo sekolah berupa buku yang di dalamnya terdapat logo Yayasan Pendidikan Kristen di Tanah Papua dengan maksud bahwa di dalam setiap ilmu yang diajarkan semuanya mengandung misi Yayasa Pendidikan Kristen di Tanah Papua, sedangkan warna biru muda yang mengelilingi logo secara umum dalam psikologi memiliki makna kejujuran dan kepercayaan.

  1. FALCON = FAITH, LOVE, COMMUNICATIVE, NATIONALIST adalah slogan atau

motto SMKS YPK Paulus Dok V Jayapura yang dirumuskan sejak tahun 2020, dengan makna dan tujuan:

FAITH = MEMILIKI IMAN DALAM MENDIDIK (GURU), DAN BELAJAR (SISWA/I)

LOVE = MEMILIKI KASIH DALAM PELAYANAN PENDIDIKAN DENGAN CIRI-CIRI SABAR DALAM MENGHADAPI PESERTA

DIDIK.

COMMUNICATIVE = MAMPU BERKOMUNIKASI DENGAN BAIK SECARA INTERNAL MAUPUN EKSTERNAL.

NATIONALIST = MEMILIKI JIWA NASIONALISME, CINTA TANAH AIR DAN BANGSA INDONESIA.

2. Pemilihan gambar burung alap-alap kawah (bahasa Indonesia) atau perigrine falcon

menyesuaikan singkatan yang dirumuskan juga berharap dapat mengadopsi fakta-fakta

dari burung ini sendiri, yang antara lain:

  • Peregrine falcon merupakan hewan tercepat di dunia yang mencatatkan rekor kecepatan  389 km/jam saat tengah mengejar mangsanya. Rahasia dari kecepatannya adalah tulang dada khusus yang memungkinkan mereka mampu memberikan kekuatan yang lebih besar untuk mengepakkan sayapnya. (Warga SMKS YPK Paulus cepat beradaptasi dengan segala perubahan yang positif)
  • Alap-alap kawah atau perigrine falcon telah dilatih dan digunakan sebagai alat untuk membantu manusia dalam berburu. Aktivitas ini dikenal dengan nama falconry.  Hal ini sudah dilakukan sejak ribuan tahun yang lalu. Hal inidibuktikandenganadanyalukisanburungalap-alap pada masyarakat Mesopotamia dan Mongolia sekitar 3500 tahun yang lalu. Burung ini biasanya dipelihara dan identik dengan kalangan raja di masa lampau. (Warga SMKS YPK Paulus percaya Tuhan Yesus sebagai Raja di atas segala Raja yang memelihara kami)
  • Burung alap-alap kawah merupakan hewan yang setia kepada pasangannya. Sepanjang hidupnya mereka hanya kawin untuk bereproduksi kepada satu pasangan saja. (Warga SMKS YPK Paulus setia kepada tugas pelayanan mendidik di Tanah Papua dan NKRI)